1、冷凍干燥過程中突然斷電
冷凍干燥過程一般時間較長，如果在于燥過程中突然斷電，可導致樣品活性喪失。因此要及時對樣品進行處理。從機器中取出樣品（確保操作過程在無菌條件下進行，防止樣品污染），放入冰柜中深層冷凍。在重新裝樣上機前，要把冷倉內的水分排凈，并且倉內溫度達到- 25℃以下（指示燈亮），才能重新裝樣。
2、真空效果不好
AIPHA l/6型真空冷凍干燥烘干機的主要部件之一是DU0004型旋轉葉片式真空泵是二級泵，最大真空度為1×10-4mbar。抽氣量為4m3/h。真空度不好就會影響樣品的質量。如：干燥過程中發生樣品溶化，而失去活性等。所以維護和使用好真空泵是保障機器正常運轉的必要條件。
2.1真空泵不啟動
(1)檢查泵上的過電保護開關；(2)檢查泵的電路部分，看是否有零件損壞，及時更換。
2.2泵啟動但又停止
檢查發動機保護開關、定子中的電阻器、熱敏電阻保護開關、啟動控制器等部件是否損壞。
2.3泵啟動但不產生真空
(1)高壓安全閥由于臟物污染而沒被完全打開，需拆下清洗；(2)電磁閥污染，拆下清洗或更換；(3)滑閥彈簧破碎。
2.4泵達不到極限壓力
(1)泵油不夠或油被污染，換油；(2)真空室或進氣管漏氣。把泵從主機上拆下，檢查能否達到最大壓力，如泵沒問題，用真空脂密封泄漏處；(3)真空室污染，取下清洗；(4)檢查減壓閥是否需清洗或換密封墊；(5)真空安全閥被臟物卡住，或簧環故障，使操作活塞松動；(6)滑閥彈簧破碎；(7)滑閥或氣缸壁損壞；(8)真空傳感器使用壽命較短，檢查一下是否需要修理或更換，如有可能，用校正儀校正一下真空度讀數。如果指示有偏差，可以通過調節真空傳感器的電位器Rl和R2來校正（見圖1）。
2.5泵的噪音過大
(1)檢查消音器、氣鎮閥等是否正常；(2)滑閥彈簧破碎，換彈簧，檢查閥的磨損程度；(3)泵隙間或發動機與泵間的偶合間隙增大。
3、壓縮機不制冷
冷凍干燥烘干機的制冷系統裝有一個過壓保護裝置F1和一個過熱超載保護裝置F2，在環境溫度過高或壓縮機超負荷時，這些保護裝置就會啟動切斷電源，一旦達到要求的操作條件，壓縮機通過F1和F2會重新自動啟動，注意：真空冷凍干燥烘干機最好安裝在有空調的室內。
