相對于秸稈露天焚燒微不足道的好處，其危害卻是多方面的，主要表現為：
(1)資源浪費：秸稈露天焚燒浪費了大量的燃料，農作物秸稈是優質能源，是農村能源的重要組成部分，1995年我國農村生物能消耗占農村總能源消耗量的29%．農作物秸稈含有豐富的有機質和氮、磷、鉀、鎂、硫等多種有機成分，如果進行秸稈還田，是優質有機肥料，中國統計年鑒統計結果顯示，2004年中國秸稈含N、P205、K20等總養分達1.753×107 t，相當于同年全國化肥施用量的38%:秸稈含有粗蛋白、粗脂肪、糖、維生素等飼料成分，大量的秸稈露天焚燒，一定程度上影響畜牧業的發展。
(2)環境危害：焚燒秸稈排放出大量的污染物，最主要是顆粒物，其次煙霧中含有NOx、S02、CO、硝酸鹽和硫酸鹽等污染物，還含有多環芳烴等危害人畜健康的劇毒物質。焚燒所排顆植物一方面以其大的比表面為化學反應提供良好的反應場所，加快了大氣化學反應速度，一方面煙塵中的細顆粒物容易進入人畜呼吸器官，并進入肺臟沉積，危害人畜健康。
(3)社會危害：夏季氣溫高，秸稈焚燒極易引燃周圍易燃物質，引發火災，帶來巨大的人身和財產危害。燃燒所排放的煙塵會引起能見度降低，對交通帶來很大影響，其中對航空運輸影響最大，因煙霧造成航班延誤的報道屢見不鮮。能見度的下降還易引發交通事故，高速公路甚至經常為之封閉。
農作物秸稈可以經過秸稈壓塊機、秸稈顆粒機壓制成生物質顆粒燃料，這樣不僅可以解決秸稈焚燒問題，而且還可以可以增加老百姓的收入，何樂而不為呢。
(4)破壞農田生態系統：焚燒產生的高溫會降低土壤肥力，致使土壤貧瘠化；蒸發土壤水分，破壞土壤墑情；燒死大量微生物，致使農田板結化：破壞農田生物群落，減少生物多樣性；影響后茬作物生長，降低作物產量；還可能使某些病蟲害更加嚴重。
華北及華東地區是我國秸稈焚燒活動較為密集的地區，河南、江蘇、安徽、山東、河北五省為我國秸稈焚燒最多的五省。由于其特殊地形和氣候條件，鄭州地區屬于秸稈焚燒污染重災區，2007年6月10日和2009年6月14日，曾分別發生了由秸稈焚燒引起的嚴重灰霾天氣，對河南省秸稈焚燒的環境影響研究比較迫切。
為全面評價秸稈焚燒的環境影響，其所排污染物的傳輸擴散是一個很重要的方面，進行這方面的研究有很重要的意義。首先，通過秸稈焚燒環境影響的數值模擬，可以為區域大氣質量評價提供基礎數據，為禁燒措施的指定提供參考；其次，可以對其影響進行量化，更加可觀地評價其影響；再次，通過對于秸稈焚燒污染物傳輸擴散的模擬，可以找出導致城市空氣環境惡化的主要氣象條件，當這種氣象條件在秸稈焚燒期間再次出現時，可以提前對空氣質量惡化做出判斷，提醒相關部門及人員注意防范；最后，由于可以量化秸稈焚燒污染物的影響，對于秸稈焚燒期間空氣質量預報具有很大的參考價值，可以提高預報的準確度。
