農業的生態環境作用在漫長的歷史中，人類絕大部分時間都只能被動地適應自然環境，其活動對環境幾乎沒有任何影響。有機肥設備面對地質和氣候變化引起的生態環境問題，人類只能消極適應而無法加以改變。幾百萬年過去了，隨著社會物質財富和科學技術的積累，人類在一定程度上已經具備了影響和改造世界的力量。但是，直到今天人們仍然只能被動適應地質和氣候的長期變化；對氣候的短期變化也只能采取有限的補救措施。然而，具有諷刺意味的是，人類行為作用于周圍世界的結果往往是造成當地以致全球生態環境問題的根源。
農業是出現最早的物質生產部門，也是首先造成人為生態環境問題的部門。過度砍伐森林和掠奪式的耕作不僅曾經導致一些古代文明的毀滅，而且今天仍然是一些地區特別是熱帶雨林地區面臨的現實生態環境問題。化學肥料和殺蟲劑、除草劑、殺菌劑的大量使用所造成的環境污染和自然生態系統破壞則是更普遍的問題。但是，人類已經從歷史中吸取了教訓，農業生產從總體上看已趨向與生態環境相協調。同時，與其他部門相比較，在合理經營的條件下，有機肥設備農業不僅對生態環境的破壞較小，而且能在相當程度上減輕其他部門對生態環境所造成的破壞，在一定范圍內改善生態環境。當然，某些地方過度砍伐森林、過度放牧或開墾草原，不適當地圍湖造田或濫用濕地，仍然可造成嚴重的生態環境問題。所以我們對此絕不能掉以輕心。
